À la recherche du technodrome

Le Shredder kidnappe Splinter dans le but d'attirer les Tortues à sa propre cause. Afin de sauver Splinter, les Tortues doivent pénétrer dans la forteresse mobile du Shredder, le Technodrome, et braver ses dangereuses armes. Même si elles y parviennent, elles doivent affronter le Shredder lui-même, qui est armé non seulement de la nature de leur origine, mais aussi de ses propres sbires mutants, Bebop et Rocksteady.